Die CAES wurde 1972 als erste Arbeitsgemeinschaft der Deutschen Gesellschaft für Chirurgie in Hamburg gegründet. Nach vorübergehender Trennung in Arbeitsgemeinschaften für Endoskopie und Sonographie wurden die Themen seit 1999 wieder in einer Arbeitsgemeinschaft für Endoskopie und Sonographie zusammengefasst.
Aus ihren Reihen heraus wurde 1996 die Chirurgische Arbeitsgemeinschaft Minimal-invasive Chirurgie (CAMIC) gegründet.
Die CAES koordiniert die chirurgischen Aktivitäten auf dem Gebiet der Endoskopie und der Sonographie. Sie nimmt die Interessen der aktiven Mitglieder wahr und berät den Vorstand fachlich.
Die CAES setzt Impulse zu Fragen der Weiterentwicklung chirurgisch-endoskopischer und –sonographischer Methoden und unterstützt die Weiterbildung in diesem Bereich. Sie setzt sich für Qualitätssicherung ein und fördert die interdisziplinäre Zusammenarbeit.